Habitat

Terdapat beberapa formasi hutan hujan yang berlainan di Endau-Rompin Peta yang terbentuk oleh factor tanah atau ketinggian. Hutan tanah Pamah (lowland dipterocarp forest) merupakan yang paling luas. Didominasi oleh pokok-pokok dari keluarga Dipterocarpaceae, hutan ini adalah antara ekosistem terestrial yang terkaya dengan spesies dimukabumi.

Antara hutan kerangas (Health forests) yang terbaik adalah Semenanjung Malaysia terbentuk di tanah yang nipis, berpasir di dataran tebak pasir di taman ini. Jenis hutan ini mengandungi pokok-pokok dan tumbuhan renek yang boleh bertahan dalam persekitaran yang kurang nutrien, termasuk tumbuh-tumbuhan karnivor periuk kera  serta tumbuhan epifit ant-plant(tumbuhan yang berasosiasi dengan semut)

Sejenis hutan kerangas dikenali sebagai Padang vegetation dijumpai di kawasan paya dataran di mana mempunya saliran yang kurang baik. Habitat terbuka ini, dikoloni dengan tumbuhan jenis  sedges, orkid, club moses dan giant screw-pines, lebih biasa ditemui di Sarawak berbanding Semenanjung Malaysia.

Hutan pokok Palma yang terletak di pinggiran dataran tinggi tersusun rapi dan ditumbuhi oleh hanya sepsis itu sahaja – pokok Sabun atau Kipas yang juga menghiasi logo  Taman Negara Johor Endau Rompin. Tempat terbaik untuk melihat hutan yang unik ini ialah di Janing Barat yang boleh dikunjungi dari Kuala Jasin.

Habitat riparian di sepanjang sungai taman ini mempunyai komuniti tumbuhan yang berbeza dan kaya dengan tumbuh-tumbuhan renek dan epifit. Pokok Tristania atau Pelawan sungai,  saudara pokok gum Australia adalah salah satu pokok cantik yang paling dikenali di sini dengan kulit mengupas berwarna kelabu putih. Tumbuhan semi-akuatik yang dikenali sebagai rheophytes pula banyak tumbuh di sekitar air terjun yang  berkabus, tebing sungai dan pulau-pulau batuan di sepanjang sungai. Rheophytes seperti  Phyllanthus watsonii adalah sepsis hyper-endemik  dan pokok paku Dipteris lobbiana yang cantik dimana mempunyai batang yang lentur, sistem akar kuat dan penyesuaian fisiologi lain untuk bertahan arus kuat dan ketika banjir.



Fauna

Sebagai kawasan perlindungan yang terbesar di Selatan Semenanjung Malaysia, taman ini memainkan peranan penting dalam pemuliharaan mamalia besar yang terancam secara global, termasuk harimau malaya, gajah asia, tapir malaya dan beruang matahari. Sumber makanan yang digemari harimau, rusa Sambar terdapat di taman begitu juga dengan kijang (barking deer) dan dua spesies kancil – yang terkecil di dunia.

Johor adalah satu-satunya negeri di Semenanjung yang masih mempunyai populasi babi jangut (Bearded Pig). Spesies ini, besar, bewarna lebih terang dan dikatakan kurang agresif berbanding sepsis babi hutan yang taburanya agakj meluas..

Anatara Monyet yang di taman ini adalah monyet (Long-tailed macaques) dan Beruk (Pig-tailed macaques)  serta dua spesies lutung (langur). Dusky langur (lotong cekung) adalah sepsis yang lazim ditemui, dibezakan oleh bulatan seperti cermin mata di sekitar matanya, manakala spesis Banded Langur mempunyai bulu hitam dengan sedikit bulu putih di bahagian bawah dada dan anggota badannya.

Taman ini juga merupakan habitat penting bagi beberapa mamalia terancam didunia  seperti tenggiling (Sunda Pangolin), ungka tangan putih (White-handed Gibbon) Beruang matahari dan kongkang (Sunda Slow Loris), serta banyak mamalia lain yang lebih kecil termasuk musang, tupai dan treeshrews.

Taman ini dan Taman Negara Endau-Rompin, Pahang, telah disenaraikan sebagai Kawasan Burung & Biodiversiti Penting (IBA) pada tahun 2003 oleh BirdLife International. Sekurang-kurangnya sepuluh ekor burung terancam di seluruh dunia telah direkodkan di IBA, antaranya spesis Enggang badak (Helmeted  Hornbill ) dan Straw-headed Bulbul.

Lebih 100 spesies ikan telah direkodkan di taman ini dan yang paling banyak adalah dari spesis cyprinids, loaches dan catfishes. Variasi hijau dari baka Kelisa asia (Arowana) terdapat di perairan Sungai Endau, merupakan salah satu habitat semula jadi di Semenanjung Malaysia yang masih ada untuk spesies terancam ini. Ikan jenis pemangsa yang sering dicari oleh kaki pancing seperti Kelah (Malayan Mahseer), Toman Bunga (Bunga Snakehead), dan Sebarau (Hampala Barb) bersembunyi di kawasan(lubuk) yang dalam di sepanjang sungai. Walaupun permit diberikan kepada pemancing di tempat-tempat tertentu tetapi kawasan pembiakan utama, adalah kawasan larangan.