Kepulauan Seribuat adalah antara beberapa terumbu karang yang paling sempurna di negara ini. Terumbu-terumbu ini menjadi tempat perlindungan pelbagai jenis hidupan marin yang sangat terancam (Critically Endangered)  antaranya penyu karah (Eretmochelys imbricata), penyu hijau (Chelonia mydas) serta ikan lumba-lumba.

Padang rumput laut hidup subur menghijau di sekitar terumbu karang, terutamanya di perairan terlindung di bahagian barat daya Pulau Tinggi dan Pulu Sibu. Padang rumput laut ini adalah satu-satunya tempat  populasi dugong (Dugong dugon) terbesar di negara ini. Dikenali juga sebagai lembu laut, dugong jarang dilihat tetapi sering meninggalkan jejak makan di padang rumput laut ini.

Spesis marin dan terestrial  yang baru banyak ditemui di sekitar pulau-pulau dari masa ke semasa. Sebagai contoh, spesis skink yang baru dalam dunia sains iaitu skink Hutan Pulau Sibu (Tytthoscincus sibuensis) telah ditemui di dalam hutan tanah pamah di Pulau Sibu pada tahun 2006. Di dalam air, Melitoid amhipodVictoriopisa tinggiensis dijumpai di kawasan rumput laut di Pulau Tinggi pada tahun 2010, manakala satu lagi amphipod, Urothoe sibuensis ditemui di Pulai Sibu dalam tempoh waktu yang sama.

Terdapat juga, koloni kelawar (Pteropus hypomelanus) yang bertenggek di pokok-pokok di kawasan pulau. Walaupun sering dianggap sebagai perosak, makhluk yang luar biasa ini memainkan fungsi ekologi yang penting sebagai agen pendebungaan bagi pokok hutan dan tanaman lain. Ini termasuk durian dan petai – dua bahan masakan istimewa Malaysia.